Suite à l'accident de Tôji, Shinji prend la décision de quitter la NERV. Insensible aux paroles de Misato, il s'éloigne de Tokyo-3. Mais un ange fait son arrivée. Shinji suit l'affrontement de loin, avec détachement, ne se sentant plus concerné, jusqu'à ce qu'il entende la voix de Ryôji qui l'appelle. Ce dernier emmène Shinji dans les souterrains de la ville et commence à lui parler de son propre passé vécut avec son frère et des amis, mais uite à un drame, il fut le seul survivant du groupe en trahissant les siens et en les abandonnant à une mort certaine. Selon lui, le sacrifice de ses amis pour lui permettre de survivre fut de la même nature que le sacrifice de Tôji pour Shinji. A présent, il lui demande s'il compte continuer à vivre en faisant mine d'ignorer ce qui s'est passé. Aprés avoir entendu ce récit, Shinji remonte à nouveau dans l'Eva-01. L'Eva-01 réussit à lutter contre l'ange qui s'est introduit dans le QG, mais au moment le plus crucial de l'affrontement, elle tombe à court d'énergie et se retrouve immobilisée. Alors que tout espoir semblait s'être envolé, l'Eva se réactive mystérieusement. Son taux de synchro monte à 400% et elle commence à dévorer l'ange, puis à s'approprier le complexe s2. Shinji se retrouve pris au piège à l'intérieur de l'Eva-01 devenur complètement incontrôlable.