En cette année 1980, la paisible ville de Sen-nen Dani est le théâtre d'enlèvements de sans-abris. Recherchant désespérément son ami et père de substitution, Ippei Tsukanoma, une montagne de muscle au grand cœur, est attaqué par une mystérieuse créature. Sauvé in-extremis par Gin-iro Karisome, jeune horloger dont le raffinement n'a d'égale que la beauté, il devient Sen-nen Darling, un cyborg à la puissance démesurée. Grâce à ses nouvelles capacités, Ippei parvient à à détruire la créature responsable de l'enlèvement et du meurtre des sans-abris. Cependant, Ippei ne le sait pas encore mais il vient d'attirer sur lui l'attention des Mécananthropes, d'étranges êtres millénaires issus de l'union de la machine et de l'humain, ainsi que de leur chef, le terrible Neiron. À l'instar de Sen-nen Darling, ces créatures semblent tirer leur puissance des Magatamas, des pierres caractéristiques de la protohistoire du Japon. Les habitants de la ville sont menacés par Neiron. Sen-nen Darling se dresse en protecteur. Un affrontement sans précédent est sur le point de commencer.
