Rien ne va plus à l'organisation. Plusieurs groupes de claymores ont disparus, d'autres sont mortes sans aucune explications.
Mais le plus gros problème, c'est la rébellion des claymores de l'organisation ! En effet, elles veulent en savoir plus sur ce qui se trame derrière leur dos, et elles ont même libéré Raki !
L'organisation profite alors de cette rébellion pour tester ses "nouvelles armes" ! En effet, ils semblent avoir réussit à ressusciter les anciennes "numéro une de l'organisation". Une grande bataille commence alors, mais les claymores sont menées par Miria, qui a survécu, et qui revient en force !